Tidaklah gampang menyelesaikan masalah sengketa perbatasan dengan Malaysia baik batas darat maupun maritim, meskipun sudah ada joint border committee dan BADAN NASIONAL PENGELOLA PERBATASAN. Masalah perbatasan maritim dengan Malaysia tidak dapat diselesaikan dengan segera karena perbedaan persepsi dan acuan peta yang digunakan. Hal yang perlu dilakukan adalah melakukan perundingan secara maraton dalam forum bilateral untuk mencari titik temu dan dalam waktu bersamaan menjadikan kawasan sengketa sebagai kawasan pemanfaatan bersama saling menguntungkan, terutama bidang Perikanan. Isyu perikanan menjadi sangat krusial karena nelayan kedua negara sama sama mencari nafkah di wilayah laut yang overlapping diklaim kedua negara. Sebagai contoh di perairan Selat Malaka, Indonesia membuat Peta Laut wilayah ZEE berdasarkan salah satu prinsip UNCLOS ‘ 82 dengan menarik garis tengah yang diukur dari titik pangkal, sementara pihak Malaysia membuat Peta laut dengan menarik garis landas kontinen yang menjorok ke dalam garis tengah yang dibuat Indonesia. Jadi ada daerah overlap yang diklaim kedua negara, hal ini berdampak kepada banyaknya nelayan R.I. yang ditangkap oleh aparat Malaysia pada saat menangkap ikan dengan menggunakan Peta Indonesia karena dianggap melanggar wilayah perairannya Malaysia. Sebaliknya Nelayan Malaysia yang menangkap ikan di wilayah overlap dan berada di dalam ZEEI menurut peta R.I. tentu akan ditangkap oleh aparat hukum.
Dalam memperlakukan nelayan pelintas batas yang dianggap melanggar wilayah, kedua negara menerapkan sistem hukum yang berbeda. Indonesia menerapkan sangsi hukum berdasarkan UNCLOS’82, UU no 5 tahun 1985 tentang ZEEI dan UU no 31 tahun 2004 yang diamandemen dengan UU no 45 tahun 2009 tentang Perikanan. Dalam konteks tersebut, nelayan asing yang melakukan pelanggaran di ZEE tidak boleh diperlakukan sebagai kriminal dan oleh karenanya tidak boleh diperlakukan sebagai tahanan dan dalam keputusan pengadilan tidak boleh dikenakan hukuman badan, namun denda atau barang bukti dirampas untuk negara. Sejauh ini tidak ada satupun nelayan Malaysia yang diperlakukan tidak baik oleh aparat hukum Indonesia, bahkan diprogramkan deportasi cepat sementara kasus dilanjutkan dengan barang bukti ditahan bersama ABK yg pro justicia (Nakhoda dan Fishing Master) sampai keputusan pengadilan. Kalau toh semua ABK dipulangkan (atas permintaan secara diplomatik) maka dimungkinkan disidangkan in absentia.
Sebaliknya di pihak Malaysia dalam memperlakukan nelayan R.I. yang dianggap melanggar hukum selalu diperlakukan sebagai tahanan, apalagi jika sudah keputusan pengadilan selalu ybs dipenjarakan, karena dipersepsikan sebagai pelaku kejahatan. Yang diterapkan oleh Malaysia biasanya jika indikasi pelanggaran tidak kuat dan ada permintaan dari pihak Pemerintah R.I., maka nelayan tsb dibebaskan. Jika menurut hukum di Malaysia dianggap melanggar hukum meskipun di wilayan overlap, biasanya nelayan tersebut dijatuhi sangsi denda dan hukuman badan. Bukti empiris bahkan tidak jarang oknum aparat Malaysia memperlakukan kasar dan dengan kekerasan baik selama proses investigasi maupun dalam tahanan. Kejadian nelayan meninggal dalam tahanan dan perlakukan terhadap petugas pengawas perikanan dalam kasus Tanjung Berakit dua tahun lalu, merupakan bukti yang tidak dapat dipungkiri. Perbedaan persepsi dan perlakuan inilah yang perlu diperjuangkan oleh Pemrintah R.I. dalam perundingan dengan pihak Pemerintah Malaysia, suatu solusi atau langkah sementara pengelolaan daerah overlap sebelum dicapai kesepakatan.
Perkembangan perundingan kedua negara untuk menyelesaikan batas maritim sampai saat ini belum menunjukkan hasil yang menggembirakan karena belum ada titik temu dan prospeknya memakan waktu lama. Di sisi lain jika dibiarkan terus kondisi di lapangan dengan tidak adanya solusi sementara, maka nasib nelayan yang ditahan oleh aparat Malaysia tidak akan mengalami perubahan. Beberapa opsi solusi sementara dapat dimungkinkan sebagai berikut:
Pertama, Memberlakukan wilayah overlap sebagai status quo, dimana jika ada nelayan kedua negara melakukan penangkapan ikan di wilayah tersebut tidak di ad hoc dan diproses hukum, namun diusir keluar dari wilayah tersebut.
Kedua, membuat joint committe untuk melakukan monitoring dan tindakan preventif di laut agar kegiatan di wilayah overlap diselesaikan secara damai di laut dan tidak perlu ada penahanan terhadap nelayan.
Ketiga, menjadikan daerah overlap sebagai daerah pengelolaan bersama atau kerjasama pengelolaan sumberdaya ikan melalui penangkapan ikan yg ramah lingkungan dengan standard operasi prosedur yang jelas.
Ketiga opsi tersebut tujuannya sama yaitu memberikan perlindungan kepada para nelayan kedua negara agar tidak dipersepsikan sebagai pelaku kejahatan, karena hampir semua nelayan terutama nelayan Indonesia hanya sekedar mencari nafkah dan tidak ada niatan lain.